MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Nitrosospira multiformis ATCC 25196 plasmid 3

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007617	CCA	2	6	1005	1010	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703929
2	NC_007617	TG	3	6	1069	1074	0 %	50 %	50 %	0 %	82703929
3	NC_007617	CTG	2	6	1185	1190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703929
4	NC_007617	CAT	2	6	1210	1215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703929
5	NC_007617	GCAG	2	8	1273	1280	25 %	0 %	50 %	25 %	82703929
6	NC_007617	GGC	2	6	1284	1289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703929
7	NC_007617	CA	3	6	1311	1316	50 %	0 %	0 %	50 %	82703929
8	NC_007617	GAT	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703929
9	NC_007617	AGG	2	6	1359	1364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703929
10	NC_007617	GCT	2	6	1393	1398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703929
11	NC_007617	AAGT	2	8	1439	1446	50 %	25 %	25 %	0 %	82703929
12	NC_007617	GTT	2	6	1554	1559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703930
13	NC_007617	CTT	2	6	1696	1701	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703930
14	NC_007617	GCTTTT	2	12	1843	1854	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	82703930
15	NC_007617	ATA	2	6	1906	1911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703931
16	NC_007617	TCC	2	6	1918	1923	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703931
17	NC_007617	GCTCTT	2	12	1941	1952	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	82703931
18	NC_007617	CAT	2	6	2027	2032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703931
19	NC_007617	ACT	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703931
20	NC_007617	TCTT	2	8	2167	2174	0 %	75 %	0 %	25 %	82703931
21	NC_007617	TCT	2	6	2203	2208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703931
22	NC_007617	TCA	2	6	2209	2214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703931
23	NC_007617	TTG	2	6	2386	2391	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703932
24	NC_007617	CT	3	6	2428	2433	0 %	50 %	0 %	50 %	82703932
25	NC_007617	CG	3	6	2436	2441	0 %	0 %	50 %	50 %	82703932
26	NC_007617	GGT	2	6	2463	2468	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703932
27	NC_007617	GGC	2	6	2675	2680	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703932
28	NC_007617	GAT	2	6	2715	2720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703932
29	NC_007617	GGC	2	6	2825	2830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703932
30	NC_007617	TGAA	2	8	2950	2957	50 %	25 %	25 %	0 %	82703932
31	NC_007617	GAG	2	6	3499	3504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703933
32	NC_007617	GAAAT	2	10	3590	3599	60 %	20 %	20 %	0 %	82703933
33	NC_007617	AGC	2	6	3609	3614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
34	NC_007617	ACG	2	6	3624	3629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
35	NC_007617	TGC	2	6	3645	3650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703933
36	NC_007617	A	6	6	3766	3771	100 %	0 %	0 %	0 %	82703933
37	NC_007617	TTG	2	6	3845	3850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703933
38	NC_007617	GAC	2	6	3877	3882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
39	NC_007617	T	6	6	3905	3910	0 %	100 %	0 %	0 %	82703933
40	NC_007617	CAAC	2	8	4130	4137	50 %	0 %	0 %	50 %	82703933
41	NC_007617	G	7	7	4147	4153	0 %	0 %	100 %	0 %	82703933
42	NC_007617	AAC	2	6	4197	4202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703933
43	NC_007617	AAG	2	6	4241	4246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703933
44	NC_007617	TGA	2	6	4293	4298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703933
45	NC_007617	ATCC	2	8	4372	4379	25 %	25 %	0 %	50 %	82703933
46	NC_007617	GCA	2	6	4445	4450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703933
47	NC_007617	TAC	2	6	4481	4486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703933
48	NC_007617	TCT	2	6	4639	4644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703933
49	NC_007617	T	6	6	5832	5837	0 %	100 %	0 %	0 %	82703934
50	NC_007617	CAG	2	6	5842	5847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703934
51	NC_007617	GC	3	6	5916	5921	0 %	0 %	50 %	50 %	82703934
52	NC_007617	CCA	2	6	5967	5972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703934
53	NC_007617	ATC	2	6	5984	5989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703934
54	NC_007617	GCG	2	6	5996	6001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703934
55	NC_007617	GGC	2	6	6061	6066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703934
56	NC_007617	GCT	2	6	6095	6100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703934
57	NC_007617	CG	3	6	6106	6111	0 %	0 %	50 %	50 %	82703934
58	NC_007617	CAG	3	9	6166	6174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703934
59	NC_007617	TGG	2	6	6185	6190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703934
60	NC_007617	AGCC	2	8	6220	6227	25 %	0 %	25 %	50 %	82703934
61	NC_007617	CG	3	6	6460	6465	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
62	NC_007617	TGC	2	6	6508	6513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
63	NC_007617	GC	3	6	6523	6528	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
64	NC_007617	GCA	2	6	6532	6537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
65	NC_007617	GCT	2	6	6616	6621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
66	NC_007617	GCA	2	6	6651	6656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
67	NC_007617	ACC	2	6	6662	6667	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703935
68	NC_007617	GGAGAT	2	12	6673	6684	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	82703935
69	NC_007617	TCG	2	6	6738	6743	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
70	NC_007617	GGGCG	2	10	6916	6925	0 %	0 %	80 %	20 %	82703935
71	NC_007617	GC	3	6	6973	6978	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
72	NC_007617	AGC	2	6	7035	7040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
73	NC_007617	GC	4	8	7050	7057	0 %	0 %	50 %	50 %	82703935
74	NC_007617	TCT	2	6	7093	7098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703935
75	NC_007617	GAA	2	6	7105	7110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703935
76	NC_007617	G	6	6	7131	7136	0 %	0 %	100 %	0 %	82703935
77	NC_007617	CAT	2	6	7150	7155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703935
78	NC_007617	GCGG	2	8	7171	7178	0 %	0 %	75 %	25 %	82703935
79	NC_007617	GCA	2	6	7204	7209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
80	NC_007617	TCA	2	6	7236	7241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703935
81	NC_007617	GAG	2	6	7280	7285	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	82703935
82	NC_007617	ATCA	2	8	7366	7373	50 %	25 %	0 %	25 %	82703935
83	NC_007617	GAA	2	6	7580	7585	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703935
84	NC_007617	CGA	2	6	7621	7626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
85	NC_007617	GCC	2	6	7652	7657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703935
86	NC_007617	GCA	2	6	7729	7734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
87	NC_007617	TGC	2	6	7758	7763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703935
88	NC_007617	GCAA	2	8	7765	7772	50 %	0 %	25 %	25 %	82703935
89	NC_007617	CA	3	6	7855	7860	50 %	0 %	0 %	50 %	82703935
90	NC_007617	GCA	2	6	7966	7971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703935
91	NC_007617	TAA	2	6	8155	8160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703941
92	NC_007617	CCA	2	6	8193	8198	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703941
93	NC_007617	CAC	2	6	8218	8223	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703941
94	NC_007617	GCA	2	6	8244	8249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703941
95	NC_007617	TA	3	6	8273	8278	50 %	50 %	0 %	0 %	82703941
96	NC_007617	ATC	2	6	8381	8386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703941
97	NC_007617	T	6	6	8431	8436	0 %	100 %	0 %	0 %	82703941
98	NC_007617	CTA	2	6	8479	8484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703941
99	NC_007617	GTT	2	6	8491	8496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703941
100	NC_007617	GTA	2	6	8517	8522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703941
101	NC_007617	G	6	6	8534	8539	0 %	0 %	100 %	0 %	82703941
102	NC_007617	T	7	7	8552	8558	0 %	100 %	0 %	0 %	82703941
103	NC_007617	ATT	2	6	8562	8567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703941
104	NC_007617	AT	3	6	8572	8577	50 %	50 %	0 %	0 %	82703941
105	NC_007617	CAA	2	6	8677	8682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703941
106	NC_007617	TGG	2	6	8699	8704	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703941
107	NC_007617	TGA	2	6	8706	8711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703941
108	NC_007617	ACA	2	6	8804	8809	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703941
109	NC_007617	ACC	2	6	8840	8845	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	82703941
110	NC_007617	ATA	2	6	8847	8852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703941
111	NC_007617	ATT	2	6	8885	8890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703941
112	NC_007617	TCT	2	6	8969	8974	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703941
113	NC_007617	CTC	2	6	8999	9004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703941
114	NC_007617	TTAG	2	8	9608	9615	25 %	50 %	25 %	0 %	82703942
115	NC_007617	GTT	2	6	9673	9678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703942
116	NC_007617	AAG	2	6	9723	9728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703942
117	NC_007617	TTA	2	6	9867	9872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703942
118	NC_007617	CTC	2	6	9883	9888	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	82703942
119	NC_007617	CAG	2	6	10134	10139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703942
120	NC_007617	CTTT	2	8	10149	10156	0 %	75 %	0 %	25 %	82703942
121	NC_007617	T	8	8	10154	10161	0 %	100 %	0 %	0 %	82703942
122	NC_007617	GAA	2	6	10238	10243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703936
123	NC_007617	ATT	2	6	10263	10268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703936
124	NC_007617	GCAG	2	8	10280	10287	25 %	0 %	50 %	25 %	82703936
125	NC_007617	GCC	2	6	10315	10320	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703936
126	NC_007617	CGT	2	6	10339	10344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703936
127	NC_007617	TGG	2	6	10367	10372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	82703936
128	NC_007617	GCTCA	2	10	10422	10431	20 %	20 %	20 %	40 %	82703936
129	NC_007617	CTT	2	6	10452	10457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703936
130	NC_007617	TGCC	2	8	10564	10571	0 %	25 %	25 %	50 %	82703937
131	NC_007617	AT	3	6	10581	10586	50 %	50 %	0 %	0 %	82703937
132	NC_007617	CGT	2	6	10673	10678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703937
133	NC_007617	CTG	2	6	10703	10708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703937
134	NC_007617	AGCC	2	8	10835	10842	25 %	0 %	25 %	50 %	82703937
135	NC_007617	TGA	2	6	10918	10923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703937
136	NC_007617	ACA	2	6	10972	10977	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703937
137	NC_007617	ATTG	2	8	11107	11114	25 %	50 %	25 %	0 %	82703937
138	NC_007617	AT	3	6	11140	11145	50 %	50 %	0 %	0 %	82703937
139	NC_007617	CGGT	2	8	11158	11165	0 %	25 %	50 %	25 %	82703937
140	NC_007617	GGC	2	6	11235	11240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703937
141	NC_007617	AAG	2	6	11319	11324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703937
142	NC_007617	GAAA	2	8	11339	11346	75 %	0 %	25 %	0 %	82703937
143	NC_007617	ACT	2	6	11390	11395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703943
144	NC_007617	ATC	2	6	11421	11426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703943
145	NC_007617	GCT	2	6	11529	11534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703943
146	NC_007617	AGC	2	6	11541	11546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703943
147	NC_007617	CAG	2	6	11567	11572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703943
148	NC_007617	TTGTC	2	10	11600	11609	0 %	60 %	20 %	20 %	82703943
149	NC_007617	GCA	2	6	11693	11698	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703943
150	NC_007617	GCA	3	9	11812	11820	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703943
151	NC_007617	ATG	2	6	11986	11991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703943
152	NC_007617	GTT	2	6	11996	12001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	82703943
153	NC_007617	CGT	2	6	12073	12078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82703943
154	NC_007617	ATT	2	6	12148	12153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703943
155	NC_007617	TACGA	2	10	12620	12629	40 %	20 %	20 %	20 %	82703940
156	NC_007617	GC	3	6	12666	12671	0 %	0 %	50 %	50 %	82703940
157	NC_007617	AAG	2	6	12672	12677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703940
158	NC_007617	GGC	2	6	12701	12706	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703940
159	NC_007617	GAA	2	6	12720	12725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703940
160	NC_007617	TC	3	6	12739	12744	0 %	50 %	0 %	50 %	82703940
161	NC_007617	CCG	2	6	12773	12778	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	82703940
162	NC_007617	CAG	2	6	12804	12809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703940
163	NC_007617	AGAT	2	8	12826	12833	50 %	25 %	25 %	0 %	82703940
164	NC_007617	CT	3	6	12852	12857	0 %	50 %	0 %	50 %	82703940
165	NC_007617	GAT	2	6	12900	12905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703940
166	NC_007617	A	6	6	12942	12947	100 %	0 %	0 %	0 %	82703940
167	NC_007617	TAA	2	6	12948	12953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703940
168	NC_007617	CAG	2	6	12994	12999	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703938
169	NC_007617	CAT	2	6	13044	13049	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703938
170	NC_007617	AGA	2	6	13101	13106	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82703938
171	NC_007617	A	6	6	13111	13116	100 %	0 %	0 %	0 %	82703938
172	NC_007617	GAT	2	6	13135	13140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703938
173	NC_007617	GGAG	2	8	13182	13189	25 %	0 %	75 %	0 %	82703938
174	NC_007617	CTGA	2	8	13240	13247	25 %	25 %	25 %	25 %	82703938
175	NC_007617	AAC	2	6	13275	13280	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82703938
176	NC_007617	CGG	2	6	13357	13362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	82703938
177	NC_007617	ATC	2	6	13381	13386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82703938
178	NC_007617	GAT	2	6	13401	13406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703938
179	NC_007617	TGGA	2	8	13426	13433	25 %	25 %	50 %	0 %	82703938
180	NC_007617	GTA	2	6	13483	13488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82703938
181	NC_007617	CGTT	2	8	13498	13505	0 %	50 %	25 %	25 %	82703938
182	NC_007617	TA	3	6	13523	13528	50 %	50 %	0 %	0 %	82703938
183	NC_007617	TAAT	2	8	13672	13679	50 %	50 %	0 %	0 %	82703938
184	NC_007617	TGAAG	2	10	13813	13822	40 %	20 %	40 %	0 %	82703939
185	NC_007617	TAA	2	6	13828	13833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703939
186	NC_007617	ATT	2	6	13991	13996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	82703939
187	NC_007617	TAA	2	6	14014	14019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	82703939
188	NC_007617	AGC	2	6	14046	14051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82703939
189	NC_007617	TCT	2	6	14059	14064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	82703939

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.